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名侦探柯南里云霄飞车杀人案是哪集
就是第一集高中生侦探工藤新一被称为"日本警察界的救世主"而响誉全国，他帮助警方解决了很多棘手案件。某日，为了庆祝兰夺得空手道大赛冠军，新一请她去热带乐园玩，兰看见云霄飞车正在迎客，就拉着新一前去。
在检票口，新一结识了体操运动员小瞳和她的朋友礼子、爱子、岸田先生当云霄飞车驶出隧道时，爱子发现坐在新一后方的岸田先生死亡。警方及时赶到，谁会是凶手?新一能否化解疑团?
其中，有两名黑衣人引起了新一的注意，新一暗中跟踪却被发现，黑衣人给他灌下毒药(APTX4869)后离开，当被警察发现时，工藤已变成了小孩儿的模样。
名侦探柯南中新一出场集数
1、第1集：云霄飞车杀人事件
讲述高中生侦探工藤新一被称为“日本警察界的救世主”，他帮助警方解决了很多棘手案件。某日，他和青梅竹马小兰一起去坐云霄飞车时遇到了一起因情生恨凶杀事件。
2、第50集：外交官杀人事件（下集）
讲述小兰找来医生时，却发现柯南不见了，服部已经开始了对凶手的指认。这时，工藤新一出现，他推翻了服部的推测，并对凶手重新指认，服部甘愿认输，警方带走凶手后。
3、第172集：飞天密室，工藤新一最初的事件（上集）
讲述小兰在去冲绳旅行的飞机上想起了一年前，新一在飞机上首次处理命案的事情，一名叫大鹰的男子在厕所被人杀害，碰巧目暮警官也在飞机上。于是新一和目暮警官一起对机舱上所有可疑的人进行了调查。
4、第173集：飞天密室，工藤新一最初的事件（下集）
讲述新一要求在对嫌犯的物品进行搜查，可依旧没有发现可疑物品，之后，新一在鹭沼的座位上发现了底片的碎片，并将所有人的证词底片、墙壁上的血渍和被害人口袋被弄湿都串成了一线。
5、第205集：生死一瞬间，第三个选择
讲述帝丹高中园游会的当天，话剧在体育场上演的时候，观众席竟然出现了谋杀案件。这时，突然出现了一位迷之少年，当他摘掉隐藏身份的帽子时，在场的所有人都惊呆了，许久未露面的工藤新一居然会出现在这里。
6、 第207集：危命的复活，新一回来了
讲述新一的出现圆满解决了案件。变回原来的身体的新一回到原来的生活的时候，在米花中心大厦的瞭望餐厅邀请兰吃晚餐。
7、第208集：危命的复活，约定的场所
讲述在新一深入调查的时候，他的身体突然一阵疼痛，药物正在渐渐失效，他强忍住即将变小的身体所带来的痛苦，坚持将案件的真相公诸于众，案件完美解决之后，新一又变回了柯南，再次的突然离开。
8、第308集：工藤新一NY事件(事件篇)
讲述小兰突然倒地不起，在发高烧的情况下想起过去碰到的命案。那是与新一去纽约时发生的事情，有希子带他们两人一起去看话剧。
9、第309集：工藤新一NY事件(推理篇)
案发时，新一立刻跑到舞台上并在那里发现了手枪和空弹壳，之后又想起了出现在舞台上的红色瞄准线，但他却不认为凶手是从观众席杀人，反而肯定凶手当时就在舞台上。
10、第310集：工藤新一NY事件(解决篇)
讲述新一又对舞台重新进行调查，并注意到了舞台的活动机关，他将事情的真相告诉有希子，由她揭穿凶手，然而，在凶手被警方带走前却说了一句让小兰很介意的话。
11、第572集：新一的真实身份和小兰的眼泪（上集）
讲述小兰从昏迷中醒来时发现自己在一个小木屋里，并且身上的伤也被人包扎好了，而服部在隔壁的房间发现了很多新线索，他把案件从新理顺后，指认这个用刀刺伤河内深里的人就是他身旁的工藤新一。
12、第573集：新一的真实身份和小兰的眼泪（下集）
讲述死罗神和服部一唱一和，两人一起揭穿了假新一的身份并且还将当年村长及其妻子遇害一案再次向大家说明，而这个死罗神自然也就是工藤新一本人。案件结束后，新一的身体再次发生变化。
13、第668集：福尔摩斯的默示录（Love is 0）
讲述下午与戴安娜女士共进晚餐的时候柯南和阿笠博士人不见踪影，于是小兰外出寻找，期间她打电话给工藤希望借助他的力量解开暗号，这时，大本钟响起， 第一行暗号的工藤却在无意之中暴露了自己在伦敦的事情。
14、第669集：福尔摩斯的默示录（撒旦）
讲述来到伦敦的柯南不小心以新一的身份向小兰暴露在伦敦的事实，而此时柯南喝下了回国用的解毒剂暂时以新一的身份出现！在继续调查的过程中小兰从以前新一说过的话中得到启发发现了人偶的秘密。
15、第825集：工藤新一水族馆事件（前篇）
讲述小五郎让新一和小兰陪他一起去位于大分的别府温泉旅行，说到别府温泉最有名的莫过于地狱巡游之旅，就在小兰和新一兴致勃勃讨论的时候小五郎却在一旁默不作声。
16、第826集：工藤新一水族馆事件（后篇）
讲述新一从无人机上坠落后便失去了犯人的线索，佐藤警官上前拘捕犯人却反被挟持，新一和高木等人赶到后协力制服了犯人，但手提包内的1亿日元却不翼而飞。
求名侦探柯南的主线及分析
第一阶段：变小的名侦探！搜寻黑衣组织的历程001云霄飞车杀人事件，新一和青梅竹马的毛利兰一起去多罗碧加游乐场玩，在乘坐云霄飞车时遭遇了杀人事件。
成功解决案件后，新一跟踪两个神秘的黑衣男子，并目击了一名黑衣男子进行现金交易的现场，正当他全神贯注的时候，不料另一名黑衣男子突然从背后出现，将新一击倒，并灌下了组织新开发的毒药，新一感觉自己的骨头都要裂开了。。。
002董事长千金绑架事件，在被警察救醒后，新一发现自己的身体竟然退化到了幼年时期。新一在家门口遇到了阿笠博士，并使他相信自己就是变小了的新一。为了隐瞒新一还活着的事实和不连累身边的人，新一听从了博士的忠告，决定隐姓埋名。为了获得黑衣组织的情报，柯南借着小兰父亲是侦探之便，以寄养的身份住进了小兰的家里。从此柯南在毛利事务所潜伏了下来，一边帮助毛利解决案件，一边寻访着黑衣组织的蛛丝马迹。
005新干线大爆破事件，柯南在火车上遇到了前次的两名黑衣男子，阻止了两人引爆新干线列车杀人灭口的计划，并成功得知了两人的代号――GIN和VODKA(动画跟漫画情节相比有改变)。
013奇怪的寻亲杀人事件，组织成员宫野明美（化名广田雅美）为了助妹妹宫野志保脱离组织，策划了十亿元抢劫事件，得手后却不幸被GIN枪杀，临终前她向柯南透露这是一个笼罩着重重迷雾的庞大组织，组织的颜色是黑色。
043江户川柯南诱拐事件，新一的父母从博士处得知其变小，母亲化装成江户川文代，父亲化装成暗夜公爵，伪装成黑暗组织成员与柯南开玩笑。
054电玩公司杀人事件，在参加满天堂游戏公司的新作发布会时，柯南意外听见黑衣组织成员之一的Tequila给VODKA打电话。不过Tequila旋即被误炸身亡。
128 黑暗组织10亿元抢劫事件，因为之前与漫画对应的“013奇怪的寻亲杀人事件”被改编，因此动画在这里添了一集，重新讲述了灰原的姐姐宫野明美被琴酒所杀的情节，为之后灰原出现作铺垫。通过GIN与宫野明美的对话我们得知，与仅仅是组织小卒的姐姐不同，宫野志保是组织里少数有头脑的人之一。
第二阶段：两个黑衣组织的女子！满月之夜的推理对决
129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件，组织代号SHERRY的宫野志保因姐姐被杀以停止APTX4869研究的方式表示抗议，结果被组织囚禁在瓦斯室。绝望的她服下了藏着的APTX4869想要自杀，没想到与新一一样没被毒死而身体缩小成儿童时期模样，得以挣脱了手铐从垃圾信道逃了出来。
两灰原虽然隐藏了起来，但是组织却没有放弃寻找叛徒的努力，柯南与灰原也就从此卷入了对组织侦查与反侦察的大戏中。不过灰原好像也没有透露更多组织的情报，此时的她对组织有着极度的恐惧感。
130-131竞技场无差别胁迫事件，剧情本身与组织无关，但是灰原的话暗示，组织有一个始于半个世纪前的庞大计划，但究竟是什么却不得而知，而柯南已经陷入了这个计划里了。
170-171黑暗中的死角，新出智明的父亲被其继母杀害，小五郎在柯南的协助下破案，乍看与主线毫无关系，之后的剧情却表明这里是青山历时两年的一个大伏笔，也是真正的新出智明在三方对决前唯一的一次出场。为保护无辜的女佣，警方修改的了案件的纪录，隐瞒了真实的作案手法，这一点只有真正的新出知道，日后也被朱蒂用来指证贝尔摩得假扮的新出智明。
176-178 与黑暗组织的再会，柯南和灰原意外发现了GIN停在路边的车子，于是柯南在车上装上了发信器与{mod}想获得组织的情报，虽然得知了黑衣组织成员之一PISCO将在杯户饭店暗杀吞口议员的计划，但是{mod}被Gin发现并毁掉，而且他也通过遗留在车里的茶色头发联想到了SHERRY，并肯定她会在酒店现场出现。
柯南与灰原潜入宴会想阻止暗杀计划，不料非但没有来得及，而且灰原也不幸被PISCO识破身份并绑架囚禁在酒窖中。
柯南一方面利用警察拖住嫌疑犯PISCO，一方面提醒灰原喝下白干成功恢复为SHERRY从壁炉逃出。
不料GIN正在屋顶守株待兔，并开枪向SHERRY射击，在这千钧一发的时刻，柯南携变声器出现用麻醉针射中了GIN，SHERRY得以趁机从烟囱逃生，并恢复成了灰原。
PISCO这时也来到酒窖想杀死灰原，却被柯南揭破了身份，结果PISCO被GIN灭口，死前也没来得及说出灰原＝SHERRY的秘密。GIN在与柯南的对决中被麻醉针所伤，也发现SHERRY有骑士保护。
188-193危命的复活。吃了灰原研制的解药后柯南短暂的变回了新一，并化妆成黑衣骑士与兰见面，
222-224招致死亡的人鱼传说，剧情本身与主线无关，但是在这个宣传长生不老的人鱼小岛上，签名册里竟然有宫野志保的名字，暗示着APTX4869并不是简单的毒药，它的研究无疑与长生有着千丝万缕的联系。
226-227格斗游戏的陷阱，朱蒂与柯南相识，并注意到他借助园子破案，因此她发现了柯南不简单，在临走时COPY了VERMOUTH在照片上对柯南的称呼――COOL GUY。
230-231迷一样的乘客，少年侦探团和博士一行在公车上遇到一起去美术馆的朱蒂和新出，这时哀感到车上有组织的成员变得非常害怕，后来公车被强盗劫持，虽然最后在众人的努力下强盗被抓，但是哀留在快爆炸的车上想一死了之，最后被柯南所救。
233 无法消失的证据，柯南和灰原回忆当天公车的事件，灰原很担心，但柯南肯定的说她的身份没有暴露，因为像灰原能感觉到组织成员一样，侦探也具有感觉到杀气的本领。
242元太的灾难，剧情本身与主线无关，结尾处提到GIN是左撇子。
253-254 本厅刑事恋爱物语Ⅳ，佐藤警官去和白鸟相亲，柯南让新出假扮成高木成功阻止，发现其演技高超。秀一监视VERMOUTH，被小兰看见，觉得似曾相识。
258-259来自芝加哥的男人。柯南等人认识了来自芝加哥的老男人“詹姆士 布莱克”，后来他被误认为是某名人而遭绑架，其实是将计就计，试试柯南的本事。柯南 出熊猫车的暗号，救出了布莱克。
布莱克最后竟然也称呼柯南为COOL GUY，说明了他和朱蒂是一伙的。
赤井接布莱克走的时候说他被恋人甩了，所以剪短了头发。赤井驾车出现时被柯南和灰原瞥了一眼，灰原有奇怪的反应。
266-268情人节的真相，京极真也带着黑色针织帽，被人看见，柯南以为是赤井，十分紧张。而小兰则说她可能认识这个带黑色针织帽的男人，引起了柯南的注意。
269-270犯罪的纪念品，破获录像带杀人事件的时候，从高木那里得知公车劫持案那天，毛利小五郎相关的案卷被偷，后又被送回来，暗示有人在调查他们，弄得柯南相当紧张
271-272急忙掩饰的忽略，柯南又一次在朱蒂面前破案。VERMOUTH发邮件给GIN，提到了“久藏”雪利酒，并且向打了叉的宫野志保的照片发飞镖，旁边还有柯南和兰的照片
274-275幽灵屋的真相，新出在本集开头出场，剧情提示他的佣人亲人都不见了，他说是去了青森
277-278英语教师VS西部名侦探，博士得知毛利小五郎相关的案卷被偷，后又被送回来，于是请来平次帮助柯南。两人分析偷盗案卷的人是想把某个人引出来的圈套，于是两人去朱蒂的公寓试探，并拜托博士在网上调查克里斯的资料。
在双方接触过程中发生命案，案子虽然解决，但是对朱蒂的试探未果。
柯南最后说的除朱蒂外的另两个可疑人物应该是赤井和新出。
279-280迷宫的阴暗，博士应柯南的要求去克里斯的网站上查过信息，发现她就是美国已故大明星莎隆宾亚德的女儿。
284-285中华街雨中的似曾相识，286-288工藤新一NY事件，承接前面兰回忆起的“带黑色针织帽的男子”，通过兰在发烧病倒时的回忆倒述了去纽约经历的黄金苹果事件。还交代了新一和兰和莎龙的初次见面，以及他们对银发杀人魔的救命之恩。
最后提到真杀人魔其实是别人灭口的，后来得知假杀人魔正是VERMOUTH所扮，这次计划本来是将秀一引出并杀死，但是没有成功。
307-308没有留下声音的证据，小五郎受托寻找失踪的电脑工程师板仓卓，从委托人的谈话中柯南了解到他就是当年在电玩公司杀人事件中被炸死的组织成员tequila接触的对象。最后通过追查案件，柯南获得了组织的线索--板仓的日记。
309-311与黑暗组织接触，案子的开头柯南和兰遇到了赤井秀一，赤井说兰又在哭。
另外借此，柯南也了解到了当年兰和赤井相遇的事情，并获知了赤井FBI的身份。但柯南仍有些怀疑，并想起了布莱克绑架事件时哀对于赤井的奇怪反应。
通过阅读板仓的日记得知，黑衣组织委托其开发一种危害人类的软件，但他并未最终完成。
柯南诱骗VODKA改时间交易，试图冒充板仓与VODKA接头，从而想得到他的指纹和行踪的情报，不料即将成功之际，却由于GIN的忽然出现而功亏一篑，柯南还险些被发现，最后躲在储物柜里才侥幸得脱。
最后柯南和哀离开的时候，在附近的赤井和哀好像对彼此都有所感觉。
312染上夕阳的布偶，哀第一次提及自己的身世。她提到自己的父亲叫做宫野厚司，原来是化学领域非常有名的科学家，但被称为“被科学界放逐的疯狂科学家”，母亲是个很神秘的女人。
两人在组织中一起进行“秘密药物”的研究，但在生下她不久就去世了，据说是研究事故。
她在懂事之前就被送到美国留学了，回来继承了父母的研究，并且说她的研究是神秘的可以操纵生死的药物，是地球人都无法认识其价值的可怕的东西。
329被挑拨的友情，阿笠博士提到他认识哀的父亲宫野厚司，并且说他待人和气有礼，不像是什么“疯狂科学家”，而且提到他的夫人爱利娜是一个英国留学生。宫野教授一次都没提到自己在研究什么。
335-336东都显影所的秘密，有希子回到日本，接侦探团去东都显影所看电影。在路上有希子和柯南发现他们正在被人跟踪，柯南认为跟踪者不是冲着他就是冲着灰原来的，并且很有可能就是黑衣组织的人。
结尾处赤井还拍下了少年侦探团的照片，还看着哀说太像了。
338-339 4辆保时捷，开头处柯南奇怪的骗博士说新出不在家，但后来不明情况的博士还是找来了新出给小哀看病，结尾处VERMOUTH冷笑着用打火机烧掉了SHERRY的照片，并得意地自言自语道：“找到了……你准备好了吗？我来找你了！”
340-341厕所隐藏的秘密，柯南、灰原和博士去了灰原的父亲宫野博士生前工作过的事物所，想从那里得到一些黑衣组织的资料以及灰原父母的行踪。结果他们在厕所中找到了宫野明美放在那里的灰原妈妈留给灰原的磁带。
灰原找到了明美藏起来的录音带，她的母亲的面目也浮出水面，“Hell Angle”由此而来。在她母亲留给她的18岁生日末尾的话语中应该提到了某件惊人的事情，但是青山并没有说明。
结尾处，VERMOUTH边从飞机场出来边用手机通着电话，从谈话中我们得知，她找来了一个叫Calvados（苹果酒）的组织成员，似乎是为她下一步要采取的行动做的一个重要部署。
343-344便利店的阴谋，柯南发现工藤宅子有人来过的痕迹，而且不是小兰。
朱蒂老师突然间辞去了帝丹高中英文教师的工作，说是想回美国了。在告别派对上，小兰无意间在朱蒂的卫生间的镜子后面发现了朱蒂藏着的自己与柯南，灰原等人的照片，不禁疑云顿生。
345与黑衣组织直面对决满月之夜的二元推理
柯南收到了VERMOUTH寄来的邀请新一去参加化妆舞会的信件，称呼竟然是江户川柯南！
柯南知道自己的身份已经暴露并且决定开始行动，他一方面邀请服部假扮新一去参加化妆舞会，另一方面用麻醉针麻醉灰原后假扮成她的样子准备独闯组织。
来接他的不是VERMOUTH假扮的新出，而是朱蒂！原来FBI也有自己的计划，他们准备先VERMOUTH一步接走灰原，引诱VERMOUTH跟踪至码头，然后实施抓捕
朱蒂揭穿了VERMOUTH同时是克里斯宾雅德和莎龙宾雅德，但在她招呼同伴要抓捕VERMOUTH时，不料却被埋伏的Calvados击伤。
原来VERMOUTH棋高一着，她早就知道了FBI的抓捕计划，提前化妆成朱蒂来到码头，命令埋伏的FBI探员撤退了。
正当朱蒂形势危及时，另一边化妆的服部解决了舞会上的案子扯下了伪装，柯南也撕下面具用麻醉针控制住了VERMOUTH，柯南的筹划终于笑到了最后。
但是这时风云突变，担心柯南安危的灰原利用备用的追踪眼镜忽然找来，反而破坏了柯南的大好计划，VERMOUTH趁机用麻醉针射中了柯南，并把手枪对准了灰原！
就在这形势失控的时候，小兰忽然从朱蒂车子的后备箱跳出保护了灰原，赤井也及时出现迫使VERMOUTH不得不以柯南为人质逃离了码头。
正当VERMOUTH向BOSS发邮件报告时，忽然发现柯南身上有发信器，原来柯南留了一手，他早料到VERMOUTH找到灰原后一定会向BOSS报告。
VERMOUTH不得不承认放弃SHERRY，为了避免BOSS的邮件地址和身份泄露，VERMOUTH不得不使用了催眠瓦斯，并且朝自己开了一枪以保持清醒，毁掉发信器后狼狈逃离了现场。
346-347寻找屁股上的印记，上集案件的扫尾，朱蒂用救援被绑架的柯南和小哀将这次惊险的对决瞒了过去，哀经过步美等人的间接鼓励，终于鼓起勇气面对自己的命运，决定与黑暗组织抗争，而且拒绝了FBI的证人保护计划。
361帝丹高中的学校怪谈，贝尔摩的身份暴露后，为了不引起大家的注意，真正的新出老师回到学校重新工作。
第三阶段：魔鬼之音！银色子弹的镇魂曲
371-372沉默的航线，柯南对冲绳事件中本山先生打电话的手机按键音有奇怪的反应。
375星星和香烟的暗号，结尾处山村警官给在鸟取县的祖母打电话的手机按键音也使柯南产生了奇怪的反应。
385-387 斯特拉迪瓦里小提琴的不xx音，通过对前两次熟悉的手机按键音的分析，柯南确认了组织头目的邮件地址中前四位与鸟取县的区号相同，是0858，在询问了拥有绝对乐感的羽贺响辅后，柯南得知了有这个曲调的歌曲正是《七个孩子》！
394奇异屋宇的大冒险，开始阶段柯南分析黑衣组织是通过儿歌记忆BOSS的邮件地址的，这样就可以避免储存在手机里了，并且推测出了被灰原成为潘多拉的魔盒的黑衣组织BOSS的真实邮件地址，却因无法深入被灰原哀劝止。
425 Black impact！被组织的魔掌触碰的瞬间，通过忘记取回的{mod}，柯南却发现了惊天的大秘密！原来电视台主持人水无怜奈也是黑衣组织的成员，柯南窃听到了她和GIN等人的暗杀计划，并成功阻止。
不料琴酒发现水无鞋底的{mod}，小五郎反而受到他们怀疑，危在旦夕。
好在秀一及时出现，击伤了GIN，将装{mod}的勾当揽到了FBI身上。
VERMOUTH也又再次保护了毛利等人。
代号KIR的水无怜奈在行动中受伤昏迷，被FBI送入杯户中央医院控制了起来。
另外这一集中柯南得知了布莱克也是FBI的人。
429-430无法回到从前的两个人，小兰的倒霉同学本堂英佑出场，眼睛长的和水无很像，好像注意到了柯南通过毛利破案，这让柯南感觉很不安，对本堂的身份产生了怀疑。
446-447封印的洋窗，本堂暗中监视柯南，柯南因为担心本堂发现不敢亲自破案。
462黑衣组织的影子
年幼的目击者，一个孩子目击某歌星被人从桥上扔下，本堂用和水无一样的摸脉搏测谎术，引起了柯南的怀疑。
463.黑衣组织的影子
奇怪的照明，本堂数次想让毛利等人想起水无的事情来获取信息，但是都被柯南看出并把话题岔开。
464 黑衣组织的影子
谜样的高额报酬，本堂故意引诱毛利注意到一个小孩家发生的奇怪事件，这个小孩正是目击水无怜奈受伤的小孩，他说他的母亲生前曾经和奇怪的外国女人对话，打听水无怜奈的去向。
465.黑衣组织的影子
珍珠流星，在那个小孩就要说出摔下摩托车的就是主持人水无怜奈时，柯南及时用假面超人将话题岔了开去。柯南通过外国女人对孩子的回答"A SECRER MAKES A WOMAN WOMAN"推测出这个女人就是VERMOUTH。
另外本集GIN所说的水无取得BOSS信任的事件也表明她与一个叫本堂的卧底的死有很大关系。
466分不开的雪人，开头处柯南推测到组织已经知道水无受伤住院的事实了，并分析黑暗组织不会对孩子进行报复，而且对本堂的真实身份很疑惑。
479 与服部平次共度的3天，柯南推测水无可能是杀了本堂瑛佑的亲疏然后整容成她的模样的，因此让服部调查水无年轻时在大阪的事情。
484-485黑色照片的去向，服部调查水无未果，但意外发现本堂及其父亲在大阪生活的情况，因为瑛佑小时候曾经和父亲一起去大阪的烧烤屋吃烧烤，其父和店长很谈得来。然而店长已经去世，所以柯南、阿笠博士和灰原决定造访住在东京的店长的孙子家，想从他那里得到些本堂及其父亲的情报。不料在这个模型爱好者西郡家里遭遇了盗窃案件，成功解决后柯南他们终于看到了瑛佑无意间照的照片，照片上看到了瑛佑的父亲，并了解到瑛佑的父亲常和黑西装的外国人打交道，并在Company（＝CIA）工作，曾打入过黑衣组织。
491-494红与黑的碰撞 开端 血缘 绝叫 冥土，兰和园子去医院看望初中同学，遇到了正在医院拿着水无照片打听的本堂瑛佑，他辩解说他是在寻找自己长的和水无十分相似的姐姐。为了弄清本堂的姐姐到底是不是水无，兰找到了水无的超级Fans，看了水无早期的录像，得知水无的血型是AB型，可是瑛佑用姐姐曾给自己输血的例子说明自己和姐姐的血型都是O型，这让柯南了解到，水无和瑛佑的姐姐不是一个人。瑛佑为了证明自己的血型，和毛利等人一起来到了其母亲曾经服务过的宅子。看到了母子健康手册的柯南等人确定，瑛佑的血型确实是O型，那么这个水无为什么和瑛佑的姐姐长的这么像呢？
本集的最后柯南却发现瑛佑的胸口有很奇怪的伤疤……
495红与黑的碰撞 昏睡，兰说瑛佑突然失踪了，并且失踪之前曾说过他在医院打听姐姐消息的时候，碰到了疑似父亲同事的人，辨别方式是通过和他父亲发邮件时相似的手机按键音。柯南经过推理认定不是CIA的人而是组织的人已经潜入了水无所在的医院，于是前往医院与FBI商量对策。通过询问医生，柯南确认了黑衣组织的人还没有在医院发现水无的踪迹，并锁定了三个嫌疑人。
496红与黑的碰撞 侵入，通过柯南的试探，FBI找出了黑衣组织派来的成员楠田，还意外得知了本堂瑛佑曾经做过白血病手术。
497红与黑的碰撞 觉醒，FBI在对待楠田偷拍患者名单一事上处理不当，不幸打草惊蛇，虽然楠田在其逃亡过程中自杀身亡，但是同时Gin等人也获知了水无所在的医院，正在赶往医院的路上…
本集中柯南向朱蒂老师等人了解到了赤井悲惨的过去，原来他曾是宫野明美的男友，利用其妹宫野志保的关系，以诸星大的化名潜入了组织。由于变现出色，不但得到了RYE的代号，而且获得了和组织的高级干部GIN一起行动的资格。正当他跟FBI要借此机会诱捕GIN以将组织连根掘起时，却由于手下一个搜查员的失误而功亏一篑。结果明美被组织所杀，志保也被迫逃离组织。
498 红与黑的碰撞 搅乱，为了救出水无，GIN策划了医院附近相继发生的集体食物中毒，奇怪气味引发的人员骚动，火灾等3大事件，一时间大量患者涌向杯户中央医院。在这里我不得不对GIN的谋划报以赞叹，这样不但能不露痕迹的将人员安插进杯户中央医院，而且却不带任何针对杯户中央医院的意思，还让FBI全无还手之力。与此同时，在医院的问讯处忽然接到了给James的署名楠田的包裹。这朵名叫楼斗草的花，花语竟然是“旗开得胜”！可是惊诧不止这个开战宣言而已，赤井还发现了花盆中被放置了炸弹！
卡梅尔大叔终于有了一把飚车技的机会，他和朱蒂惊险的将炸弹带到安全地带引爆了，可是FBI却发现医院里竟然同时受到了大量署名楠田陆道的包裹，其中也有炸弹！这时在无人看守的水无病房中，本堂瑛佑也高高的举起了一把剪刀。。。
499 红与黑的碰撞 伪装，FBI的搜查官们在收缴炸弹的时候发现电视上居然出现了穿着住院服的水无怜奈！搜查官们急忙奔向怜奈的病房，却看到的是安静的躺在床上的怜奈。原来电视上的影像是利用以前的资料进行剪辑处理合成的，而且组织根据炸弹的中放入的发信器，已经锁定了怜奈的病房。赞叹个！
FBI只得采取最终手段－－三车齐出，转移水无！神秘的卡梅尔承担了运送水无本尊的任务，朱蒂想要阻止他，却被他一拳击晕，难道这个卡梅尔是？这时GIN也派出VODKA，CHIANTI，KORN三人盯上了三辆车，并成功的判断出水无就在卡梅尔的车内
500 红与黑的碰撞 遗言，面对GIN和众手下的迫近，卡梅尔打算凭借车技甩掉跟踪，却突然遭到装炸弹的盒子的袭击，3号车也随之撞上护栏停了下来，原来装睡的水无在关键时刻出了手。正当CHIANTI打算解决掉昏晕的卡梅尔的时候，3号车突然发生了爆炸。水无和GIN等人顺利的回到了组织，FBI与柯南精心策划的计划难道就此满盘皆输？
原来柯南和赤井早已发现水无已醒，并知道了水无的确是瑛佑的姐姐－－CIA本堂瑛海的事实，瑛佑因为患过白血病，用过姐姐的造血干细胞和经过骨髓移植的手术，使他的血型改变，而自己不知。柯南和赤井利用瑛佑的出现迫使水无醒来与FBI对话，当年两人的父亲伊森本堂惨死的故事也再次被提起。赤井，柯南与水无定下约定，水无以Kir的身份重回组织，成为钢楔！
501 红与黑的碰撞 嫌疑，柯南和赤井向因为失去水无而沮丧万分的FBI解释了他们计划的本来面目，原来水无的真实身份是CIA情报员本堂瑛海，他们已经达成了协定，水无怜奈继续以KIR的身份回到组织，除了向CIA报告外还要向FBI提供情报。水无怜奈的条件是让她的弟弟本堂瑛佑加入证人保护计划。而且要求在任何情况下都优先考虑CIA的任务需要，也许会有对不住FBI的地方。赤井却好像对这个要求早有预料。。。
与此同时，回到组织的水无也想办法保护了医院的人员。但是GIN对如此简单就救回水无充满疑虑，预示着柯南和赤井的计划也许并不能那么一帆风顺。
旅馆发生了杀人事件。被害人是租住在旅馆39楼的以培养外国演员为主的经济公司的社长。嫌疑犯是托比?凯恩斯，哈鲁?巴库那，FBI的卡梅尔探员三人中的一人。因为卡梅尔长相凶恶，而且不肯说出职业，所以被少年侦探团和警察当成了重点嫌疑犯。无奈的柯南只好偷偷打电话给朱蒂叫她来帮忙。
临出门前，赤井叫朱蒂小心，说他又不好的预感，因为这天正好是13号星期五。
502红与黑的碰撞 洁白，朱蒂假扮成卡梅尔的女朋友，并证实了他FBI的身份，总算是解了围。
而此时，GIN为了消除疑虑，向水无传达了让赤井秀一从这个世界上消失的命令。
在新米花旅馆，卡梅尔向朱蒂讲述了两年前正是由于他的失误，导致了诱捕GIN的计划失败，赤井FBI的身份暴露，赤井的女友宫野明美也被组织所杀。
水无拨通了赤井的电话，假意说自己在组织里混不下去，要脱离组织，邀他到叶山路会面。詹姆斯怀疑是个陷阱，想叫朱蒂回来商量，却被赤井阻止了。
503 红与黑的碰撞 决死，在新米花旅馆，柯南帮助解决了案件。
这时的赤井正朝着会面地点叶山路飞速行驶，黑衣组织却早已布好了天罗地网。
504红与黑的碰撞 殉职，终于到了这一集！赤井和水无在来叶山路碰面了，水无先用手枪射穿了赤井的肺部。通过摄像机查看情况的GIN，向水无下达了用手枪直接爆头的命令。于是水无笑着说“没想到进展的如此顺利”，并用手枪向赤井的额头开了一枪。这时，由于警车的突然出现，水无将赤井的遗体横放在了车上，并用定时炸弹引爆了汽车。
朱蒂他们不见赤井回来，又在新闻上看到了叶山路上发生的枪杀焚尸案，心中十分担心。朱蒂想起赤井曾经在商讨作战计划时用右手碰过柯南的手机，就想用上面的指纹和尸体仅剩下来的右手比对以确定是否是赤井。
比对的结果是指纹完全一致！！难道秀一真的死了？？朱蒂伤心的哭泣，贝尔莫得却笑着说“银色子弹还有一发”！
第二天，柯南在拿回手机的时候，发现手机的序列号改变了，但他没有问茱蒂原因，朱蒂也没有告诉柯南赤井殉职的消息。
508 卡拉OK厅的死角（后篇），第三阶段的大幕即将落下，本堂瑛佑也决定告别帝丹高中的短暂生活，到美国留学，他的梦想是像父亲和姐姐一样成为CIA，战胜黑暗组织
在离开之前，瑛佑故意与柯南单独相处，告诉他自己对兰其实早已一见钟情，想向她表白并带她一起去美国。
临走的时候，瑛佑透露了FBI内部出了变故，好像什么人牺牲了，但是柯南却微笑的表示“不要紧”。
第四阶段：双面间谍！赤井OR波本？（由于第四阶段尚未尘埃落定，只好根据目前剧情先起了个名字）
509红白黄色与侦探团
新的危机！波本，冲矢和黑白君，FBI的朱蒂搜查官给柯南打来电话，告诉他水无怜奈的最新情报—组织新的厉害成员代号BOURBON正式登场，而且恐怕目标就是灰原，叫柯南小心提防。
案件结束后，神秘人物冲矢找到了阿笠博士，请求在博士家住下，但是被十分害怕的小哀拒绝。出人意料的是，柯南竟然主动答应将新一家的钥匙交给冲矢昴，并留下了一句意味深长的话“要好好看家哦”。（冲矢=工藤优作之论出现？）扯淡的是，当小哀问起借房子的理由时，回答竟然是“因为福尔摩斯的粉丝里没有坏人”！
510-511 推理对决！新一VS冲矢昴
柯南 精彩推理 剧情 急！
1 云霄飞车杀人事件（柯南主要人物登场，黑暗组织成员琴酒和伏特加初登场。元太、光彦、步美初登场）2 董事长千金绑架事件（第1集的情节延续，工藤新一变成柯南）
3 偶像密室杀人事件（冲也洋子初登场，外加新兰情感花絮，主要在末尾。‘沉睡的小五郎’首次出现。柯南获得蝴蝶领结变声器）
4 大都会暗号地图事件 （少年侦探团成立，开始首次办案。最重要的是最后步美亲上了柯南哦！）
5 新干线大爆破事件 （遇上了两个疑似琴酒和伏特加的男子，却是虚惊一场。柯南获得脚力倍增运动鞋和装有窃听器的眼镜）
?动画原创6
情人节杀人事件 （铃木园子初登场。柯南获得手表型麻醉枪，毛利大叔开始第一次中麻醉针沉睡‘破案’）
7 每月一件礼物威胁事件 （小兰首次怀疑柯南的身份）
9 天下一夜祭杀人事件（琦玉县横沟警部初登场）
10 职业足球选手威胁事件（新一与小兰情感花絮，重磅推荐。柯南获得便当型携带传真机）
?特别篇11 月光奏鸣曲杀人事件（很精彩的TV版首个特别篇）
12 步美绑架事件 （超搞笑的一次案件，内含步美对柯南的……，外加光彦和柯南之间关于结婚的对话。少年侦探团获得侦探徽章，柯南获得双涡轮引擎滑板）
13 奇怪的寻亲杀人事件 （柯南的眼镜升级为犯人追踪眼镜）
18 六月新娘杀人事件 （松本警视厅长初登场。继毛利小五郎后，原子开始了她的初次推理）
20
鬼屋杀人事件 (柯南获得伸缩背带)
?动画原创21
电视剧外景队杀人事件 (TV早期的动画原创很多都是不错的，这一集情节紧凑，在案情推理方面处理得很好，值得推荐)
22-23
豪华客轮连续杀人事件(上)(下)
(不错的一次案件，推理也极其精彩，值得推荐)
27-28 小五郎同学会杀人事件(上)(下)（毛利难得的清醒推理）
32 咖啡店杀人事件（妃英理初登场）
34-35 山庄绷带怪人杀人事件(上)(下) (本次案件是柯南早期中非常精彩的一次案件，非常值得观看。)
43 江户川柯南诱拐事件（工藤新一父母初登场）
48-49 外交官杀人事件(上)(下)（服部平次初登场，柯南第一次变回新一）
54
电玩公司杀人事件（黑衣组织成员龙舌兰出场，关于酒名与成员名的重要线索剧情）
57-58 福尔摩斯迷杀人事件(上)(下)（服部平次第二次登场，并且知道柯南身份）
?76 柯南对怪盗基德（怪盗基德初登场，很精彩。搜查二课茶木神太郎警视初登场，话说这位警官的第二次登场要到六百集以后了；搜查二课中森警部初登场）
77-78 名门连续惨死事件(上)(下)（服部平次第三次登场，开始与柯南合作破案）
?96 走投无路的名侦探--连续两大杀人事件 （新一父母第二次出现，柯南差点被小兰识破，群马县山村刑事初登场）
100-101 初恋情人回忆事件(上)(下)（新一与小兰的情感花絮）
112 帝丹小学7大不可思议事件（案情与主线无关，不过很有搞笑性）
114-115 有氧潜水杀人事件(上)(下)（毛利小五郎与妃英理的情感花絮）
116-117 推理 家失踪事件(上)(下)（服部平次出现的集数）
?特别篇118 浪花连续杀人事件（远山和叶及其父亲初登场，案情很精彩）
128 黑衣组织10亿元抢夺事件 （关于黑暗组织很重要的一集）
129 来自黑衣组织的女子（大学教授杀人事件，灰原哀初登场）
130-131 竞技场无差别胁迫事件(上)(下)（灰原的一句话，新一与组织半个世纪前的联系？以及结尾处她突然冒出来的一句关于时间的高深之言，这话同309-311 同黑暗组织的接触相关联）
?132-134 魔术爱好者杀人事件（怪盗基德第二次登场）
136-137青色古城探索事件(上)(下)（灰原与步美就柯南归属问题进行了交谈）
141-142 结婚前夜的密室事件(上)(下)（柯南与服部再次合作办案）
146-147 本厅刑事的恋爱故事1 (上)(下)（高木警官与佐藤的感情戏，白鸟警官初登场）
153-154 园子的夏日海滩冒险物语(上)(下)（京极真初登场，原子的感情戏）
156-157 本厅刑事的恋爱故事2 (上)(下) （高木警官与佐藤的感情）
?162 空中的密室工藤新一首次推理 （工藤新一在侦探界粉墨登场，第一次办案）（和286-288工藤新一NY事件相承接）
?166-168 鸟取蜘蛛屋的怪物（服部平次相关案件，也是TV中早期蛮精彩的一次案件）
170－171 黑暗中的死角杀人事件(上)(下) （新一与小兰，毛利与妃英理的情感花絮。新出医生初登场。案情初看没什么，却为345与黑衣组织直面对决埋下了大伏笔！！！）
?特别篇174 二十年后的杀机（法律追溯期最早是在这里学到的，非常精彩的一部特别篇）
176-178 与黑之组织的再会（黑暗组织重大情节进展，组织成员贝尔摩得初登场)
180-181 红色的杀机夜想曲(上)(下)（内有少许情感花絮，结尾处)
?特别篇184 诅咒假面的冷笑 (动画原创的特别篇，非常精彩，重磅推荐！)
188-193 性命交关的复活系列篇章（TV版首个长篇系列，案情曲折精彩，内含柯南、新一与兰的情感花絮）
194-195 意味深长的音乐盒(上)(下)（性命交关的复活系列篇章的后续交代）
199-200 嫌疑犯毛利小五郎(上)(下)（妃英理为毛利首次解围）
205-206 本厅刑事的恋爱故事3 (上)(下)（感情戏）
212-213 蘑菇，熊与侦探队(上)(下)（光彦对灰原有一点点动心）
217-218 目暮警官尘封的秘密(上)(下) （目暮警官过去的恋爱，很令人同情哦）
?特别篇219 被召集的名侦探！新一对怪盗基德（7个名侦探聚会，怪盗基德的过去，白马探初登场）
220-221 充满谎言的委托人(上)(下)（池波静华初登场）
222-224 人鱼失踪记（情节与上集有关系，平和感情戏，关键词长生不老，游客花名册上有宫野志保的名字）
226-227 战斗游戏的陷阱(上)(下)（神秘英语老师初登场）
228-229 充满杀意的陶艺教室(上)(下)（新一与小兰情感花絮）
230-231 谜一样的乘客(上)(下) （神秘男子初登场）
233-234 无法消灭的证据(上)(下) （内有对 230-231谜一样的乘客 最后的一点交代)
238-239大阪的3个K事件(上)(下) （服部平次出场案件，内有柯南对于案件的个人情感）
240-241新干线护送事件(上)(下) （剧情与上集链接，新一与兰，高木和佐藤的感情戏）
242 元太少年的灾难（案情与主线无关，最后柯南知道了琴酒是左撇子）
253-254 本厅刑事的恋爱故事4 (上)(下)（感情戏，神秘男子二度登场）
258-259 来自芝加哥的男人(上)(下)（神秘男子三度登场，以及来自芝加哥的神秘男子初登场）
?特别篇263 大阪双重神秘浪花剑士和太阁之城（不错的特别篇）
?动画原创264-265 法庭的对决 妃VS小五郎(上)(下) （妃英理法庭表现，很不错）
266-268 情人节的真相（新一与小兰，原子与京极真的情感花絮）
269-270 犯罪的纪念品(上)(下)（神秘男子相关）
271-272 急忙掩饰的忽略(上)(下)（神秘英语教师相关）
274-275 幽灵公寓的真相(上)(下)（新出医生再次出场集数，此两集的重点要到后面才能明白）
277-278 英语教师VS西部名侦探(上)(下)（神秘英语教师相关，身份越来越可疑）
284-285 中华街雨中的似曾相识(上)(下) （横沟警官的弟弟初登场，傲气十足。柯南与小兰情感花絮，为286-288提供开端）
?286-288 工藤新一NY事件（工藤新一出场案件，关于神秘男子的一点过去，沙隆?宾亚德登场）（承接162 空中的密室工藤新一首次推理）
291-293 孤岛的公主与龙宫城（服部和叶与柯南小兰感情戏）
?动画原创297-298法庭的对决Ⅱ 妃vs九条(上)(下) （妃英理相关案件）
301-302 恶意和圣者的行进(上)(下)（佐藤与高木的感情戏，为304 震动的警视1200万人质埋伏笔)
?特别篇304 震动的警视厅 1200万人质（佐藤尘封的感情记忆，酸楚的过去，人气角色松田阵平登场）
305-306 看不见的嫌疑犯(上)(下)（毛利小五郎难得又一次清醒推理)
307-308 无声的证据(上)(下) （为309-311提供背景资料） （也与54 电玩公司杀人事件相连接）
309-311 同黑暗组织的接触（黑暗组织情节重大进展)
312-313 夕阳染红的女儿节人偶(上)(下)（关于灰原哀的父母的过去，以及步美的表白）
?323-324 服部平次走投无路(上)(下)（服部对和叶的生死告白）
325-327 火焰中的红马 （服部与柯南联合办案，不错的案子)
329-330 金钱买不到的友情(上)(下)（步美与灰原的双边关系达到新的高度。开头博士提到了灰原的父母）
?333-334 相似的公主(上)(下)（妃英理与工藤有希子正面交锋，还牵扯到了毛利小五郎)
335-336 东都显影所的秘密(上)(下) (工藤有希子继续出场，追踪者神秘男子步步紧逼)
338-339 四辆保时捷(上)(下)（紧逼者带来的疑惑，各方势力孰善孰恶）
340-341 厕所里隐藏的秘密(上)(下)（灰原哀的一点点过去，其父母的一点交代）
343-344 便利店的陷阱(上)(下)（小兰发现了神秘英语老师的一点点秘密，各方势力开始行动）
345 与黑衣组织直面对决 满月之夜的二元推理（自性命交关的复活系列篇章后最重大的情节进展，吐血推荐，把各方神秘势力带给大家的疑惑都一一解答，真是峰回路转。为了更好的欣赏本集，前期埋下伏笔的集数都要看过）
346-347寻找屁股上的印记(上)(下)（案件本身不是重点，不过案件中步美的表现给了灰原决心，作为345重大事件的后续，值得观看。）
350-351 被遗忘的手机(上)(下) （片中柯南想到了对于345末尾贝尔摩德手机邮件地址的问题，为385-387做个铺垫）
?特别篇356 基德的空中漫步 （怪盗基德与原子的大伯铃木次郎吉首次交锋）
358-359 本厅刑事的恋爱故事5 (上)(下)（继续感情八卦戏）
361-362 帝丹高中的学校怪谈(上)(下)（真新出医生的回归，片中与片末关于主线的一些交待）
371-372 沉默的航线(上)(下)（末段柯南为什么会想到贝尔摩多，本身手机联系的谁？）
374-375 星星和香烟的暗号(上)(下) （本山的旧友相关案件，貌似被误导了，末尾对贝尔摩德手机按键声有进展）
?动画原创379-380神秘温泉雪夜振袖事件(上)(下) （关于制造不可能犯罪很高明的一次案件，算得上精彩）
381-382 谁的推理秀(上)(下)（服部平次出场案件，为383甲子园的奇迹！绝不能输给看不见的恶魔 提供开端）
?特别篇383甲子园的奇迹！绝不能输给看不见的恶魔（平次和柯南的又一次合作）
385-387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音（关于贝尔摩多手机按键声的线索突破，主要在头和尾有涉及，同时案件也很精彩）
390-391 本厅刑事恋爱物语6 （高木佐藤感情戏继续进行）
394-396 奇异屋宇的大冒险 （怪盗基德出场案件，在开头柯南推测出了黑暗组织BOSS的邮件地址。机关大师三水及右卫门的第一次杰作展现）
398-400 奇妙一家的委托(上)(下) + 心存疑惑的兰（由于一次疏忽，引发小兰的大疑惑，柯南身份再次差点被揭穿，可怜又可爱的小兰）
401-402 宝石抢劫犯(上)(下)（关于帮助柯南掩饰身份后柯南和灰原的对话，以及可怜的被由美利用的高木）
406-408 柯南和平次的推理魔术（本次案情推理超级精彩，此外就是感情戏）
411-412 神社牌楼的惊人暗号(上)(下)（原子出场的案件，柯南小兰情感花絮伴随的搞笑案件）
?动画原创418 米花町阁楼的房屋（柯南的父母也是一对活宝）
?421-422 银杏色的初恋(上)(下)（博士的初恋，很有看头啊。此情可待成追忆，只是当时已惘然）
425 黑暗组织伸出魔爪的瞬间（重要角色水无怜奈出场，黑暗组织成员基安蒂、科恩登场，主线情节步入新进展，呼吸加速，最后对狙很精彩，主线情节，跳楼推荐）
427-428 充满神秘的上学之路(上)(下)（案情非重点，关键是最后的伏笔，为本堂瑛佑出场做铺垫）
429-430 回不去的二人(上)(下) （案件非重点，但本堂瑛佑正式第一次出场，在之后的几十集中他都是个让柯南疑惑的人物）
431-432 本厅刑警的恋爱物语7 (上)(下)（从一次联谊引发的是是非非，高木佐藤感情戏恶搞爆笑！！）
445 俄罗斯蓝毛的秘密（五郎猫，毛利与英理的感情戏，真是一对欢喜冤家，同期的剧场版也有这只猫）
446-447 被封印的西式窗户(上)(下) （本堂瑛佑相关案件，感觉他一直在观察柯南）
449 本厅刑事的恋爱物语 虚假的婚礼（继续高木和佐藤感情戏，结尾爆笑）
460 1年B班大作战！（很有意思的一次案件，小林老师的敬业）
?462-465 黑衣组织的影子系列篇章（主线剧情，案件本身不是重点。但是关于本堂瑛佑的身份越来越清晰了）
466-467 坚不可摧的雪人(上)(下) （本堂瑛佑相关案件，而且在开头柯南推测到组织已经知道组织成员水无怜奈受伤住院的事实）
?469-470
怪盗基德与四幅名画(上)(下)（怪盗基德相关案件）
?472-473 工藤新一少年时的冒险(上)(下) (这两集看点颇多，年轻时的毛利、妃英理、工藤优作等人，怪盗基德的命名之父的出处也在这一话有交待)
474 妃英理律师之恋（欢喜冤家的戏也是看点之一)
?特别篇479 与服部平次一起的三天 （很不错的特别篇，内有柯南与服部平次关于主线的讨论，人气角色越水七规登场)
481-482 山妖婆婆的利刃(上)(下) （很感人的一集，把生活中的无奈体现的淋漓尽致）
484-485 黑色照片的去向(上)(下)（本堂瑛佑身份底细的进一步揭底)
487 本厅刑警的恋爱物语8 （充满误会的一对，全警察局的同事们也真是有够无聊的，难道适龄男警员们全都未婚)
?动画原创489 法庭的对决Ⅲ 目击者是检察官（妃英理的案件）
490 服部平次vs工藤新一 滑雪场的推理对决（早说最近流行拍前传，拍完小学的新一，又来拍初中时的新一，不过看看熟悉的角色的不同时期的扮相，也挺有意思的，里面还有两方年轻时的父母)
491-504 红与黑的碰撞系列篇章 (又一黑衣组织重大剧情，精彩之极，从未有过的长篇幅主线)
505-506 律师妃英理的证词(上)(下) （毛利和妃英理这对夫妻间的情感关系穿插的案件）
507-508 卡拉OK包房的死角(上)(下)（本堂瑛佑相关案件。本次案件是次要，精彩看点颇多。）
509-511 红白黄色与侦探团 、柯南VS双重暗号之谜、推理对决！新一VS冲矢昴
（这三集可真是够囧的，3集2个案子，一个案子正好一集半！！！！！一开始柯南就获得了情报，组织派出了一名收集情报的新成员，代号“波本”；而后在案件的嫌疑人中灰原又感受到了组织成员的气息，最后锁定是冲矢昴。案件解决后，原本是嫌疑人的冲矢昴提出要借住到博士家，而柯南却是不顾灰原反对让他住到了工藤新一的家中，这一点也很耐人寻味。
接下来是纸飞机事件，小兰和园子去柯南的家打扫，和冲矢昴碰面，最后柯南和冲矢昴两人在两地同时开始推理解密，不分上下。案件解决时柯南和小兰的感情也有升华。最引人怀疑的是最后冲矢昴在柯南家里喝着名叫波本的酒……）
513-514 杀意源自于咖啡之香(上)(下) （案件结尾中鲜有的悲凉结局）
?特别篇515 怪盗基德的瞬间移动魔术 (基德与铃木次郎吉又一次对决)
516-517 风林火山 迷宫的铠甲武士、风林火山 阴与雷霆的终结（服部平次登场案件，情节扣人心弦，推理也相当精彩。值得一提的是这两集中出现了柯南中一名新的警官大和敢助，很酷哦，还配有一名女警，典型的警视厅恋爱，记住这名警官，以后还有登场）
521-523 杀人犯工藤新一、新一的真相牵动小兰的眼泪、真正想问的事
（也是三集2个案子，服部平次继续出场，在此次案件中柯南变回了新一哦，在第二个案件中更是柯南首次以新一的身份和服部同时出场解决案子哦，当然的最后柯南和小兰的感情又一次经受考验）
524-525 讨厌的蓝色火花(上)(下) （523集的结尾在524集结束，冲史昂在最后有登场）
528-529 以柔克谜(上)(下) （妃英里出场的案件，案件本身没什么，不过中间妃英里可是求助了毛利大叔啊，最后搞出了两人当年分居的一个理由）
530-531 都市传说的真相(上)(下) （佐藤主动要求高木给她一个热吻……）
532-535 初恋的伤痕、呼唤过去的伤痕、新伤痕与吹口哨的男人、旧伤痕与刑警之魂
（4集讲述了2个案子，也不知道TV制作组最近怎么回事，每集的名字都越来越怪了。讲述的2个案子是相互承接的，引出了松本厅长的过去，和他脸上的伤疤有关哦，最后还把高木和佐藤的感情再度地升华了，终于……最后两人终于吻上了，至此成为柯南中的几对恋人中第一对成功了的）
537-538 怪盗基德VS最强金库(上)(下) （柯南和怪盗基德再次对决，不过这次的事件是怪盗基德来救鲁邦哦。机关大师三水及右卫门的第二次杰作展现）
542-543 让鱼儿消失的一角岩(上)(下) （案情本身没什么，不过冲史昂有登场，让灰原再一次受惊）
545-546雾中尖叫的魔女(上)(下) （和佐藤有关）
?动画原创547-548 与犯人共度的两天(上)(下)（这集和主线无关，不过在开头有一段飙车，看着蛮爽的，案情也可以啦）
551-552 犯人是元太的父亲(上)(下)（想知道元太的父亲长啥样，看看吧）
557 与危险的二人同行 （前面出现的大和敢助警官在柯南中二度登场，这集纯粹是个搞笑，不过却是为下面几集讲述起因的，不得不看）
558-561 死亡之馆、赤壁 （柯南他们随大和敢助前往案件发生地，案情很精彩，而且也是在柯南300集以后难得的4集一个案件。此外，还有一名新警官登场，哇塞，熟读中国文化。把论语、诸葛亮、空城计等都用上了，作为国人的柯南迷不得不看的一次案件）
563-564 侦探团VS强盗团(上)(下) （伤疤“赤井”初登场，还有FBI成员也有出场）
568-569 白鸟警部、樱之回忆(上)(下) （白鸟警官的爱恋哦，失去了佐藤警官，他的另一半是……）
571-572 妖怪仓库中的夺宝战斗(上)(下) （开头有白鸟警官和小林老师的花絮，末尾服部平次登场，与下集有连接。机关大师三水及右卫门的第三次杰作展现）
573-574 于心有愧的护身符的去向(上)(下) （服部和叶情感花絮）
578-581 召唤危机的红色凶兆、黑色13的暗示、逼近黑色时刻、红色的摇摆目标（黑暗组织剧情，冲史昂与伤疤“赤井”同台登场案件）
583-585 小林老师的恋爱、白鸟警官的失恋、穿越时空的樱花之恋 （白鸟警官与小林老师的情感花絮，末尾与下集衔接，是基德相关案件）
586-587 黑暗中消失的麒麟之角、基德VS四神探少年 （基德与铃木次郎吉的对决，机关大师三水及右卫门的第四次杰作展现）
589-590 最糟糕的生日(上)(下) （毛利与妃英理的情感花絮，这次是毛利替后者解围啊，总算两人之间的关系有那么一点融化）
592-593 猴子与耙的酉之市物语(上)(下) （新一小兰情感花絮，最后小兰那几招空手道太有震撼力了）