故事背景游戏衔接了红警2的剧情，尤里为了逃离苏联躲避盟军的追捕，启动了他在全世界各地建造的心灵控制器，想要控制全世界。当尤里启动心灵控制器的时候，无论是苏联还是盟军都无力反抗，唯一的办法就是用爱因斯坦的时空机器回到过去，改写历史来挽救世界。在战役剧情中盟军剧情是，玩家扮演指挥官，对抗尤里部队，最后在南极抓到尤里，将尤里终身关押在心灵隔离室。

苏军剧情是玩家依然扮演指挥官，玩家一开始要抢到时空机器回到过去，在过去打败尤里。打败尤里后顺便扭转战局，最终苏联战胜了盟军征服世界，开始向外太空进军。

对于尤里叛变苏联，我认为主要是因为苏联战败的缘故。但是尤里要复仇可能指的就是尤里野心膨胀要统治世界的野心。

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